厦门市轨道交通远景线网由6条线路组成：1号线、2号线和3号线为三条骨干线路，分别引导本岛向北部、东部、西部跨海发展；4号线为南北向辅助线，构建本岛与集美和同安的连接通道；5号线为环海湾线，从马銮组团至马巷组团；6号线为翔安区内辅助线。线网总长约247公里。根据城市近期发展建设需要，首期轨道线路工程由1号线、2号线和3号线部分构成，总长约85公里。具体线路情况如下： 1号线首期从轮渡至厦门北站，为南北骨架线，构建本岛与集美区快速跨海连接通道，并服务于岛内外火车站。主要经过旧城区、厦门火车站片区、集美新城、厦门北站。2号线首期从五缘湾至海沧新城，为东西骨架线，构建了本岛与海沧区快速跨海连接通道。
主要经过五缘湾、观音山片区、江头片区、筼筜湖北片区和海沧新城。3号线首期从厦港片区至翔安新城，为西南——东北向骨架线，构建了本岛与翔安区快速跨海连接通道。主要经过厦港片区、白鹭洲、湖里老工业区、五缘湾和翔安新城。上述方案为初步方案，已上报国家发改委，国家发改委将在近期委托中咨公司进行专家论证评审，具体线位和站点布置情况应以国家批复为准。